随着生物学研究由宏观领域向微观领域发展，病原体检测方法也从组织形态学水平深入到分子水平、基因水平。高通量测序技术（也称下一代测序技术，NGS）是指不依赖于传统的微生物培养，直接对临床样本中的核酸进行高通量测序，通过与微生物参考基因组比对，获取标本中的微生物物种组成、物种丰度等信息，实现感染性疾病的溯源、检测、分型和耐药评估等。目前基于NGS鉴别微生物的主要方法有两种，分别是宏基因组测序和靶向测序。